Michael Fassbender en Marion Cotillard spelen de hoofdrollen in deze avontuurlijke actiefilm gebaseerd op de veelgeprezen en uitermate succesvolle computer games. Dankzij een revolutionaire technologie die het herbeleven van genetische herinneringen mogelijk maakt ontdekt de tot dood veroordeelde Callum Lynch (Fassbender) dat hij een afstammeling is van het eeuwenoude geheime genootschap van de Assassins. Callum kruipt in de huid van zijn voorvader Aguilar tijdens de 15e eeuw in Spanje om grote hoeveelheid kennis en ongelofelijke vaardigheden op te doen, die hij zal moeten gebruiken in het onderdrukken van de krachtige Templar-organisatie in de tegenwoordige tijd.